-
Studium exprese genů v srdečních gangliových buňkách u diabetických potkanů
Laboratoř laserové mikrodisekce
odpovědný školitel: doc. MUDr. Magdaléna Chottová Dvořáková, Ph.D.; max. počet studentů: 4
Studenti nejdříve u laboratorních potkanů vyvolají diabetes mellitus. Srdce kontrolních a diabetických jedinců zmrazí a připraví tkáňové řezy. Pomocí laserové mikrodisekce vyizolují gangliové buňky, z nichž následně získají RNA. Nakonec prostřednictvím RT-qPCR stanoví úroveň exprese vybraných genů (např. pro neuropeptidy či jejich receptory) a posoudí vliv diabetu na tuto expresi.
-
Reprezentace kontextu v prefrontální kůře mozku
Laboratoř experimentální neurofyziologie
odpovědný školitel: MUDr. Karel Ježek, Ph.D.; max. počet studentů: 4
Prefrontální kůra (PFC) je oblast mozku klíčová pro pracovní a prostorovou paměť. Je monosynapticky i nepřímo spojena s hipokampem, strukturou zásadního významu pro funkci prostorové a deklarativní paměti. Přestože buněčná aktivita PFC není prostorově modulována tak jako neurony hipokampu, vykazuje specifičnost vůči kontextu (např. místnosti), v níž se subjekt nalézá. Cílem projektu je zmapovat reprezentaci kontextu v PFC a především pak dynamiku její aktivace. Metodicky se jedná o elektrofyziologický projekt využívající techniku zanořených mikroelektrod do oblasti PFC a behaviorálních technik. Subjektem studie je laboratorní potkan.
-
Selhání funkce životně důležitých orgánů v sepsi: patofyziologické a léčebné aspekty
Experimentální laboratoř intenzivní medicíny
odpovědný školitel: prof. MUDr. Martin Matějovič, Ph.D.; max. počet studentů: 2
Činnost na experimentální jednotce intenzivní péče, model selete, kompletní setup pro kriticky nemocné. Jeden experiment týdně, trvání 24–48 hodin dle protokolu. Objasnění mechanizmů akutního orgánového poškození v sepsi s využitím pokročilých metod genomiky, proteomiky a tkáňového zobrazení, identifikace a testování nových léčebných cílů a molekul a testování nových metod náhrady a podpory funkce orgánů.
-
Optimalizace a porovnání metod měření buněčné viability a proliferace na různých buněčných typech
Laboratoř buněčné regenerativní medicíny
odpovědný školitel: Ing. Lucie Vištejnová, Ph.D.; max. počet studentů: 1
Měření buněčné viability a proliferace patří mezi základní metody v molekulárně biologické laboratoři. Viabilita přináší informaci o metabolické aktivitě buněk a proliferace říká, zda dochází k množení buněk. Obě metodiky nacházejí uplatnění v testech cytotoxicity či biokompatibility v průběhu vývoje terapeutických látek i v oblasti tkáňového inženýrství. Na trhu jsou ovšem dostupné různé metody, jak viabilitu a proliferaci měřit, založené na různých principech. Cílem práce bude porovnat výsledky měření buněčné viability a proliferace pomocí různých metodických postupů a vybrat vhodnou metodu měření buněčné viability a proliferace pro naší molekulárně biologickou laboratoř.
Požadavky na uchazeče: ochota pracovat v molekulárně biologické laboratoři, zájem o práci s tkáňovými kulturami (fibroblasty, keratinocyty, kmenové buňky); docházka do laboratoře na alespoň 2× týdně; samostatné myšlení a systematický přístup k práci; chuť učit se nové věci.
Nabízíme: zkušenosti s prací v molekulárně biologické laboratoři a s tkáňovými kulturami; možnost získat vhled do vědecké práce; finanční odměnu v případě spokojenosti vedoucího práce. -
Příprava mezenchymálních kmenových buněk stabilně exprimující green fluorescent protein
Laboratoř buněčné regenerativní medicíny
odpovědný školitel: Ing. Lucie Vištejnová, Ph.D.; max. počet studentů: 1
Mezenchymální kmenové buňky (MSC) přinášejí slibný terapeutický přístup v léčbě různých onemocnění. Při aplikaci MSC do krevního oběhu dochází k jejich distribuci po celém těle a pravděpodobně k preferenci orgánů s onemocněním nebo zánětem. Označení MSC před aplikací by umožnilo buňky v těle sledovat a předpovědět jejich působení. Cílem práce bude připravit MSC stabilně exprimující green fluorescent protein (GFP). Toto označení MSC umožní sledovat jejich distribuci do jednotlivých orgánů pomocí fluorescenční mikroskopie a přispěje k porozumění jejich možného terapeutického efektu.
Požadavky na uchazeče: ochota pracovat v molekulárně biologické laboratoři, zájem o práci s tkáňovými kulturami (fibroblasty, keratinocyty, kmenové buňky); docházka do laboratoře na alespoň 2× týdně; samostatné myšlení a systematický přístup k práci; chuť učit se nové věci.
Nabízíme: zkušenosti s prací v molekulárně biologické laboratoři a s tkáňovými kulturami; možnost získat vhled do vědecké práce; finanční odměnu v případě spokojenosti vedoucího práce. -
Kardiomyocyty – vlastnosti a možnosti ovlivnění
Laboratoř buněčné regenerativní medicíny
odpovědný školitel: Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.; max. počet studentů: 2
Onemocnění srdce je celosvětově jednou z vedoucích příčin úmrtí. Srdeční buňky, kardiomyocyty (CMC), však dosud nebyly podrobně prozkoumány. V této práci se studenti zaměří na zkoumání vlastností CMC u různých živočišných druhů při různých kultivačních podmínkách, normálních i stresových. Závěrem práce bude kokultivace mezenchymálních kmenových buněk spolu s CMC a sledování jejich vzájemného vlivu.
V rámci SVOČ se studenti seznámí se základy vědecké práce, jako je hledání článku na internetu, příprava pokusu, provedení pokusu, vyhodnocení výsledků a jejich následná prezentace na Studentské vědecké konferenci. Studenti se naučí samostatně pracovat ve tkáňové laboratoři (kultivace buněk, výměna média, pasážování buněk, …) a ovládnou základní metody (měření viability, kokultivace, počítání buněk, atd.). -
Monitorace cytomegalovirové specifické imunity a dárcovsky specifické imunity v závislosti na způsobu prevence cytomegalovirové infekce po transplantaci ledviny
Laboratoř transplantace ledvin a náhrady funkce ledvin
odpovědný školitel: doc. MUDr. Tomáš Reischig, Ph.D.; max. počet studentů: 2
V průběhu randomizované studie (OVERT Study) porovnávající cytomegalovirovou profylaxi valganciclovirem s preemptivní léčbou bude stanovována intenzita celulární imunitivní responze specifické vůči dárcovským antigenům a cytomegalovirovým proteinům. Imunitní odpověď bude měřená pomocí techniky ELISPOT na základě stanovení sekrece IFN-γ a IL-2 T lymfocyty. Podstatou příspěvku studenta je spolupráce při laboratorní práci a při zpracování dat.
-
Respirační aktivita mitochondrií ve zdraví a nemoci
Mitochondriální laboratoř
odpovědný školitel: doc. MUDr. Jitka Kuncová, Ph.D.; max. počet studentů: 8
Posouzení vlivu vybraných patologických stavů (sepse), konzervačních roztoků a některých anestetik na respirační aktivitu mitochondrií ledvin, jater, myokardu a mozku. Spotřeba kyslíku bude měřena vysoce účinnou oxygrafií pomocí Clarkovy elektrody na vzorcích permeabilizovaných tkání, izolovaných mitochondriích nebo buňkách.
-
Elektrofyziologie a kontraktilita myokardu ve zdraví a nemoci
Laboratoř experimentální kardiologie
odpovědný školitel: doc. MUDr. Milan Štengl, Ph.D.; Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.; Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.; max. počet studentů: 2
Studenti se seznámí s experimentálními metodami měření a analýzy membránového napětí a kontrakce v multicelulárních srdečních preparátech (papilární sval, trabekula), membránových iontových proudů (technika patch-clamp) a vápníkových přechodů v izolovaných srdečních myocytech. Pomocí těchto technik budou studovány změny srdeční funkce v souvislosti s různými chorobnými stavy (např. sepse, objemové přetížení).
-
Analýza dlouhých nekódujících RNA u nádorů kolorekta
Laboratoř nádorové biologie
odpovědný školitel: Mgr. Pavel Pitule, Ph.D.; max. počet studentů: 1
Rozsah metodik: Při práci na SVOČce se seznámíte se základními i pokročilými metodikami molekulární biologie. V současné době v laboratoři provádíme především měření genové exprese, tedy stanovení množství mRNA v různých typech tkání. Rovněž analyzujeme mutace a variabilitu DNA u nádorových tkání. Od začátku roku 2014 jsme začali projekt věnovaný identifikaci a popisu vlastností takzvaných cirklujících nádorových buněk, tedy buněk, které se uvolní z nádorové masy a pohybují se v cévním řečišti. Dále běžně používáme mikroskopii, v blízké budoucnosti i fluorescenční. Se stavbou biomedicínského centra se nám v druhé polovině roku 2014 otevřou nové metodické možnosti – mezi nejzajímavější patří mikročipy pro určení exprese tisíců různých mRNA v jednu chvíli a sekvenování nové generace, díky němuž můžeme přesně osekvenovat celé bakerie i části lidského genomu.
Modely: Základním modelem je nádor tlustého střeva, od kterého máme k dispozici vzorky od více než 500 pacientů. Dále pracujeme s myšími neurálními kmenovými buňkami a buněčnými liniemi od různých typů nádorů.
Požadavky na uchazeče: ochota pracovat v molekulárně biologické laboratoři dle času studenta, ideálně nárazově v blocích či jednou až dvakrát týdně; schopnost porozumět anglicky psanému odbornému textu a zájem o naučení nových metod, postupů a proniknutí do studovaného oboru.
Zároveň k vypsaným tématům nabízím možnost studentům, kteří přijdou se zajímavým nápadem, probrat jeho realizaci a udělat vše pro to, aby bylo možné vaše nápady experimentálně ověřit. -
Colorectal Cancer: Study on molecular markers
Laboratoř nádorové biologie
odpovědný školitel: Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.; max. počet studentů: 2
he project will take place in the laboratories of the Institute for Histology & Embryology and the Biomedical Center. It is a part of the Ph.D. Thesis: 'Study on molecular and cellular markers leading to personalized cancer care'. The lab language will be English. We will work with colorectal cancer patient samples including blood and tissue from liver metastases. Multiple molecular methods, but also histologic staining will be part of the lab work with the goal of isolating therapy-relevant markers to be able to characterize the tumor and therefore being able to offer doctors a better set of information for personalized therapy. Is it possible to obtain these information from a blood sample? Will the blood sample offer compareable information to the tissue sample? These will be questions to work on and interest in cancer biology will definitely be helpful.
-
Comparison of the morphology and the number of Purkinje cells in normal laboratory mouse strain with a strain of mice with degenerative impairs of cerebellum
Laboratoř neurodegenerativních poruch
odpovědný školitel: Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.; max. počet studentů: 1
In the mouse Lurcher is declared a degenerative disease of the cerebellum resulting from the reduction in the number of Purkinje cells in the cerebellum skin. However, the physiological monitoring show that clinical symptoms of degeneration of the cerebellum, such as orientation and coordination is missing. The aim of this work is to examine the number and morphology of Purkinje cells and compare the width of the layers of cerebellar degeneration in mice with a mouse healthy.
-
Study of cerebellum and midbrain blood circulation in mice with degenerative damage of CNS
Laboratoř neurodegenerativních poruch
odpovědný školitel: Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.; max. počet studentů: 1
In the mouse strain Lercher is described a degenerative disease of the central nervous system (CNS) associated with disorders of orientation and coordination. Nothing is known about the blood circulation of the individual layers of the cerebellum and midbrain, which may effect on the intensity of degenerative changes. The aim of this work is evaluate the morphological state of microvessels in both parts of the CNS and generate the theoretical foundation for further research in the treatment of degenerative diseases.