Biomedicínské centrum resp. Centrum jako takové je z hlediska organizačního členění fakulty definováno jako jeden z jejích ústavů, dle Přílohy č. 1 Opatření děkana č. 2/2014 „Organizační struktura Lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Plzni“. Platí tedy pro něj adekvátně veškerá ustanovení týkající se organizace činnosti ústavů, např. z hlediska provozního i ekonomického. Specifikum Centra spočívá v jeho zaměření primárně na výzkum a nikoli na výuku, na rozdíl od ostatních ústavů Lékařské fakulty UK v Plzni.

Základní pravomoci i odpovědnost náležejí vedoucímu ústavu. V Centru je tato pozice nazývána „vědecký ředitel“. Vědecký ředitel se z organizačního hlediska zodpovídá za svou činnost děkanovi fakulty. Dále v Centru existuje pozice „manažer Biomedicínského centra“, která není typická pro ostatní ústavy v rámci fakulty.

Vědecký ředitel spravuje především agendu výzkumných programů, manažer Centra spravuje agendu provozně-organizační, včetně agendy smluvního výzkumu, transferu technologií a marketingu. Finální rozhodovací pravomoc však zůstává na vedoucím ústavu, který bezprostředně komunikuje s děkanem a s akademickými strukturami fakulty. Děkanovi, ale i vedení Centra slouží jako poradní orgán Dozorčí výbor Centra, složený z externích odborníků, kterému jsou pravidelně předkládány zprávy o činnosti Centra a který vydává doporučení ohledně působení Centra. Tímto uspořádáním je mimo jiné zaručena vyváženost mezi tlakem na „ekonomické“ zaměření Centra a jeho vědeckou excelenci.